Der Wegweiserstandort Düdingen/Ziegelei auf der Nordwestseite der Bahngeleise ist Ausgangspunkt der Rundtour zum Schiffenensee. Ein Schotterweg senkt sich zunächst ins Toggeliloch und führt dann durch das Tobel des Düdingerbachs, das passenderweise das «Stille Tal» genannt wird. Verschiedene Objekte eines «Sinn- und Klangwegs» säumen die Strecke. An der ersten Station des Themenwegs begegnet man einem sogenannten Widder: Die wassergetriebene Pumpe, mundartlich «Chlopfer» genannt, fördert Wasser den Hang hoch zu einem Bauernhaus.
Durch den Wald geht es zu einem Seitenarm des Schiffenensees und durch einen Hohlweg nach Ottisberg hinauf. Dort marschiert man über eine aussichtsreiche Hochebene, muss dabei allerdings 1 km auf Asphalt in Kauf nehmen. Danach senkt sich der Weg langsam gegen den See hin.
Der Schiffenensee wurde anfangs der 1960er-Jahre künstlich angelegt. Mit einer Staumauer bei Schiffenen wird das Wasser der Saane aufgestaut und zur Stromproduktion nutzbar gemacht. Der fjordartige See ist rund 13 Kilometer lang und bis zu 500 Meter breit. An der tiefsten Stelle liegt der Seegrund 38 Meter unter der Wasseroberfläche.
Wo sich heute Wellen kräuseln, erstreckte sich früher ein weites, landwirtschaftlich genutztes Tal. Durch das Aufstauen des Flusses wurden mehr als 4 Quadratkilometer Boden überflutet, darunter der vom 17. bis ins 19. Jahrhundert als Kurort bekannte Weiler Bad Bonn. Der Einschnitt bildet einen Teil der Sprachgrenze zwischen dem deutsch- und dem französischsprachigen Teil des Kantons Freiburg. Symbolisch gesprochen müsste man wohl sagen, dass hier der Röstigraben mit Wasser aufgefüllt wurde.
Der Wanderweg wahrt fast durchwegs Abstand vom See. Nur auf einem wenige hundert Meter langen Teilstück verläuft er direkt dem Ufer entlang. Danach entfernt er sich erneut vom Wasser und beginnt gegen den Weiler Wittenbach zu steigen. Dort marschiert man nochmals auf einer knapp 1 km langen Asphaltstrecke.
Kurz vor der Überführung über die Autobahn ist die Abzweigung zur Magdalena-Einsiedelei ausgeschildert. Der Flurweg senkt sich hier sanft zu einer der ungewöhnlichsten Kirchenbauten der Schweiz. In der Sandsteinfluh hoch über dem Schiffenensee ist eine Klause eingerichtet, die aus mehreren hintereinander angeordneten Räumen besteht, die zusammengezählt rund 120 Metern lang sind. Die Anlage umfasst eine Kapelle, einen noch grösseren, heute leerstehenden kirchenschiffähnlichen Saal sowie mehrere einstige Wohnräume.
Das Gestein geht auf versteinerte Sanddünen zurück, die sich vor 20 Millionen Jahren gebildet hatten, als sich an dieser Stelle ein Meer erstreckte. Seit dem 15. Jahrhundert sollen Einsiedler an diesem einmaligen Ort gelebt haben; vermutlich hatte die Stätte aber schon früher als Schutzhöhle gedient. Die heutige Gestalt der Anlage geht primär auf zwei Einsiedler zurück, die dort im frühen 18. Jahrhundert tätig waren. Sie brachen einen grossen Teil des Raumvolumens aus dem Sandstein aus und trieben sogar einen Glockenturm in die Fluh.
Die Einsiedelei war bis in die 1960er-Jahre bewohnt. Seither ist sie verlassen. In der Kapelle werden jedoch auch heute ab und zu Gottesdienste durchgeführt. So einzigartig der Schauplatz auch ist – die Geräuschkulisse will nicht so recht zu diesem Ort der Einkehr und Besinnung passen, denn unweit der Klause saust der motorisierte Verkehr laut und monoton über die nahe Autobahnbrücke.
Der offizielle Wanderweg führt in einem weiten Bogen via Balliswil zurück nach Düdingen. Als Alternative empfiehlt sich der mit weissen Tafeln signalisierte Fussweg, der über den Weiler Räsch zum Düdinger Moos führt. Die Strecke verläuft zwar auf den ersten 1,5 km erneut auf Hartbelag. In den Naturschutzgebieten Garmiswilmoos, Düdinger- und Ottisbergmoos hingegen laden schmale Pfade dazu ein, die Moorlandschaft abseits asphaltierter Strecken zu erkunden. Damit die trittempfindlichen Flächen nicht beeinträchtigt werden, darf man die Wege nicht verlassen. Ein kleiner Beobachtungsturm (der Aufstieg erfolgt über Leitern) erlaubt einen guten Überblick über die Teiche, Feuchtgebiete und Gehölze der Gegend. Über den Toggelilochsteg gelangt man zurück zum Bahnhof Düdingen.