Nur wenige hundert Schritte sind es vom Bahnhof Affoltern bis zum Rand des Siedlungsgebiets, und schon ist man in der Natur. Es gibt weiten Himmel, Wiesen, Wälder – die Wanderung vom zürcherischen Knonaueramt ins aargauische Freiamt beginnt verheissungsvoll. Getrübt wird der Auftakt einzig von der Wegoberfläche: Sie besteht auf den ersten 3 km praktisch durchwegs aus Hartbelag. Via Zwillikon geht es über die Autobahn A4 hinweg zum Weiler Loch, dann lässt man den Asphalt für eine Weile hinter sich.
Der Wanderweg senkt sich im Wald sanft in das Tobel, das von der Jonen ins Gelände gezogen wurde. Bei einer Waldhütte steht ein grosser Picknickplatz mit Feuerstelle zur Verfügung. Etwas weiter unten wird das Flüsschen auf einer Lichtung überquert, in der man sich der Welt mit ihrem Alltagslärm weit entrückt fühlt. Der Standort ist ringsum durch bewaldete Steilhänge geschützt. Die Bäume umgeben eine kleine Wiesenfläche, in deren Mitte eine Kapelle steht. Der anmutige Bau birgt ein Marienbild, das als bedeutendstes Wallfahrtsziel des Kantons Aargau gilt. Das Gnadenbild ist effektvoll an prominenter Stelle über dem Hauptaltar angebracht.
Die heutige Kapelle wurde 1621 errichtet und 1734 erneuert. Ein Vorgängerbau bestand vermutlich schon im 14. Jahrhundert. Nach der Legende stieg in der Gegend einst ein Hirte einer verirrten Ziege nach und fand sie unversehrt im Tobel. Als er aus der Ferne sanfte Musik vernahm, legte er sich hin und schlief ein, worauf ihm die Gottesmutter in hellem Glanz erschien. Als er aufwachte, entdeckte er an seiner Seite ein Bildnis, das dem Traumbild glich.
Die Leute aus dem nahen Dorf kamen zum Schluss, Maria wünsche fortan im Jonental verehrt zu werden. Deshalb begann man auf der Anhöhe oberhalb des Tobels mit dem Bau einer Kapelle. Doch immer wieder wurden die Mauern über Nacht von unsichtbarer Hand in die Waldschlucht geworfen. Schliesslich zog man einen Einsiedler zu Rate. Dieser empfahl, die Kapelle exakt am Fundort des Gnadenbilds zu errichten. Fortan verliefen die Arbeiten ungestört und konnten schon bald abgeschlossen werden.
In der Gegend kursiert eine weitere Legende, nach der das Gnadenbild aus dem Kanton Zürich stamme. Während der Reformation hätten es die Bilderstürmer aus einer Kirche im Knonaueramt gerissen und in den Jonenbach geworfen, worauf es beim Standort der heutigen Kapelle angeschwemmt worden sei.
Die Wanderung setzt sich dem Wasserlauf entlang fort. Schon bald tritt man aus dem Jonentobel in die weite Ebene des Reusstals. Durch das Dorf Jonen gelangt man zum Fluss, dem man auf dem östlichen Uferweg folgt. Bei der zur Brücke Werd und bei der Brücke Rottenschwil besteht die Möglichkeit, auf die andere Seite zu wechseln. Es empfiehlt sich aber, vorläufig am rechten Ufer zu bleiben. Dadurch nimmt man zwar nochmals 1,5 km Asphalt in Kauf, kommt dafür aber an einer Beobachtungsstation vorbei, die unmittelbar am Ufer liegt. Durch Klappen in den Holzwänden kann man aus nächster Nähe die hier siedelnden Wasservögel in ihrer natürlichen Umgebung beobachten.
Die Reuss fliesst hier in der Gegend einer Breite von bis zu 300 Metern und mit entsprechend geringer Geschwindigkeit. Das Gebiet wird auch Flachsee genannt und ist ein Brutgebiet für mehrere Dutzend verschiedene Vogelarten, gleichzeitig gedeihen hier verschiedene seltene Pflanzen. Entstanden ist das Biotop, das sich je nach Jahreszeit in ganz unterschiedlichen Farben zeigt, aufgrund eines menschlichen Eingriffs in den Wasserhaushalt: Ein 1975 weiter flussabwärts in Betrieb genommenes Flusskraftwerk führte zu einem Rückstau, der die Landschaft und die Ökologie der Gegend nachhaltig (und positiv) veränderte.
Die nächste Möglichkeit, um die Reuss zu überqueren, bietet der Dominilochsteg, eine alte Holzbrücke, die an den Fuss eines Hügels führt, auf dem das Benediktinerinnenkloster Hermetschwil steht. Setzt man die Wanderung auf dem westlichen Uferweg fort, so hat man die Möglichkeit, am Anfang der ersten Schleifen, welche die Reuss bei Bremgarten zieht, direkt zur Bahnstation Bremgarten West aufzusteigen. Die Tour kann aber auch bis zum zentralen Bahnhof Bremgarten fortgesetzt werden (30 min zusätzliche Marschzeit).